Η αποστολή του Γενικής Γραμματείας Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής είναι:

• Η υλοποίηση των πολιτικών που προβλέπονται για την βιώσιμη  ανάπτυξη των νησιών του Αιγαίου.
• Η άμεση και αποτελεσματική εισήγηση στην Ελληνική Κυβέρνηση και τον Πρωθυπουργό, των κυβερνητικών μέτρων που κρίνονται αναγκαία προκειμένου να αντιμετωπιστούν και να επιλυθούν τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν κατά καιρούς οι νησιωτικές κοινωνίες. 
• Η αξιοποίηση και διάδοση της Αιγιακής πολιτισμικής κληρονομιάς.
• Η διαμόρφωση του Αρχιπελάγους σε μια ενιαία περιοχή που χαρακτηρίζεται από οικονομική και κοινωνική ευημερία, μέσω της εφαρμογής διαφοροποιημένων στρατηγικών βιώσιμης ανάπτυξης για το κάθε νησί.

>--->  Η διοικητική διάρθρωση της Γεν. Γραμματείας Αιγαίου & Νησιωτικής Πολιτικής φαίνεται στο οργανόγραμμά της.

>--->  Τηλεφωνικός Κατάλογος των Υπηρεσιών της Γεν. Γραμματείας Αιγαίου & Νησιωτικής Πολιτικής