Στη Γενική Γραμματεία Υποδομών υφίσταται θέση Γενικού Γραμματέα Υποδομών/Τομεακού Γραμματέα 1ου βαθμού της κατηγορίας ειδικών θέσεων που υπάγεται στον Υπουργό. Ο Γενικός/Τομεακός Γραμματέας Υποδομών είναι επικεφαλής της Γενικής Γραμματείας Υποδομών και είναι υπεύθυνος για την εκτέλεση και τη διοικητική εφαρμογή της πολιτικής των υπηρεσιών των οποίων προΐσταται, όπως αυτή καθορίζεται από την Κυβέρνηση και τα όργανά της.