Στη Γενική Γραμματεία Μεταφορών υφίσταται θέση Γενικού Γραμματέα Μεταφορών/Τομεακού Γραμματέα 1ου βαθμού της κατηγορίας ειδικών θέσεων, που υπάγεται στον Υπουργό. Ο Γενικός/Τομεακός Γραμματέας Μεταφορών είναι επικεφαλής της Γενικής Γραμματείας Μεταφορών και είναι υπεύθυνος για την εκτέλεση και τη διοικητική εφαρμογή της πολιτικής των υπηρεσιών των οποίων προΐσταται, όπως αυτή καθορίζεται από την Κυβέρνηση και τα όργανά της.